Villafranca se encuentra situada dentro de la Ribera de Navarra, y con ella comparte el
mismo tipo de clima, templado. Aunque en verano e invierno se den extremos climáticos que hacen elevar y bajar respectivamente el termómetro hasta los 38-40 °C sobre cero y 1-3 °C bajo cero. Generalmente los períodos más agradables se centran en el Otoño, finales de la Primavera y comienzos de Verano.
Las lluvias son escasas, con una media pluviométrica anual de unos 400 milímetros de agua, produciéndose éstas principalmente en primavera, si bien de unos años a otros se aprecian importantes alteraciones.
La zona disfruta de una temperatura media anual de 13,6 ºC, siendo los valores medios extremos de 5,2 ºC en el mes de Enero y de 22,8 ºC de media en el mes más caluroso de Julio.
Los vientos dominantes provienen del norte y del noroeste, recibiendo el nombre de cierzo, y que azotan especialmente en invierno y sobre todo en primavera. En verano proceden principalmente del sur, o sureste, denominándose bochorno y que constituye un viento cálido y seco.