Desde los siglos XII-XIII el sello de la villa se ve representado con un águila, figura que significa realeza, dominio, imperio, vigilancia… Este emblema continúa hasta nuestros días, con algunas variaciones: con corona real, sin ella, desplegada en vuelo, posada en tierra etc.

La bandera de Villafranca es negra por las dos caras, con una cruz en oro, nada habitual, de origen ciertamente desconocido. El fondo habitual solía ser rojo en las banderas navarras; el hecho de que la bandera sea negra algunos lo achacan a las epidemias de la peste.